|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Analýza mikrobiálního složení vybraných probiotických výrobků metodou PCR-HRM
Tomanová, Barbora ; Španová, Alena (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na průkaz probiotických bakterií ve čtyřech různých probiotických výrobcích (probiotický krém, probiotické tampóny, orální probiotikum a sójový nápoj s probiotiky). Byla ověřena viabilita bakterií obsažených ve výrobcích. Z komplexních matric výrobků byla izolována DNA v kvalitě vhodné pro metodu PCR s následnou identifikací deklarovaných bakteriálních rodů a druhů. K amplifikaci pomocí konvenční PCR a PCR v reálném čase byly použity rodově a druhově specifické primery. Ve výrobcích byly prokázány bakterie rodu Lactobacillus a Bacillus a bakteriální druhy Lactobacillus pentosus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus fermentum a Lactobacillus gasseri. Následně byla testována možnost rozlišení směsi bakteriálních druhů v DNA izolované z probiotického tampónu metodou PCR-HRM. K tomu bylo testováno pět sad primerů. Jako nejvhodnější pro rozlišení byly vyhodnoceny 2 sady primerů (primery P1V1, P2V1 a V1F-HRM, V1R-HRM).
|
|
|
Magnetické částice a jejich využití v biotechnologii
Knápková, Monika ; Konečná, Jana (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na magnetické částice, které jsou využívány v řadě biotechnologických aplikací. Teoretická část práce pojednává o specifických vlastnostech těchto částic, o materiálech, kterými mohou být tvořeny a dále jsou zmíněny některé biotechnologické aplikace využívající magnetické částice. V experimentální části byly využity vybrané druhy magnetických částic za účelem izolace nukleových kyselin. Kvalita izolované DNA s ohledem na čistotu byla vyhodnocena za použití metody polymerázové řetězové reakce a jejích modifikací. Dále byla využita vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM analýza) za účelem ověření kvality izolované DNA a pro rozlišení bakterií Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus. Izolace DNA pomocí magnetických nosičů byla úspěšná, přičemž z hlediska koncentrace byly nejvhodnější komerčně dostupné mikronosiče MPG a magnetické mikročástice typu Fkol 77ox. Z hlediska čistoty byly pro izolaci DNA nejlepší magnetické nanočástice F79/L3 PLL. Bakteriální druhy Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus se pomocí HRM analýzy nepodařilo rozlišit.
|
|
|
Využití metody PCR-HRM analýzy pro identifikaci bakterií v potravinách a doplňcích stravy
Šurková, Alice ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část práce se věnuje potravinám a potravinovým doplňkům s obsahem mikroorganismů, především bakterií. Dále pojednává o metodách identifikace těchto bakterií, především o polymerázové řetězové reakci (PCR). Zahrnuje také PCR v reálném čase a zvláštní pozornost je věnována vysokorozlišovací analýze křivky tání (HRM). V experimentální části byla z vybraného probiotického výrobku izolována DNA pomocí magnetických mikročástic. Byla stanovena její koncentrace a dále byla podrobena PCR s následnou detekcí agarózovou gelovou elektroforézou. Pro upřesnění výsledků byla provedena také HRM analýza.
|
|
|
Identifikace rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik
Papala, František ; Langová, Denisa (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je identifikace rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik. Práce nejprve vychází z rešerše literárních zdrojů zaměřených na molekulární techniky identifikace DNA a pak se teoreticky zabývá metodami izolace a charakterizace rostlinné DNA. Konkrétně se bude pracovat s DNA borůvky. V experimentální části byla měřena čtveřice komerčních produktů, ze kterých byla izolována DNA a následně byla podrobena PCR a HRM analýze.
|
|
| |
|
|
Využití pokročilých molekulárně biologických technik pro detailní charakterizaci probiotických bakterií z doplňku stravy
Folwarczná, Tereza ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce byl průkaz probiotických bakterií z probiotického doplňku stravy ve formě sirupu. Z komplexní matrice výrobku byla izolována DNA v dostatečné čistotě a kvalitě vhodné pro metodu PCR v reálném čase a následně PCR-HRM. K amplifikaci pomocí PCR v reálném čase a PCR-HRM byly použity specifické primery pro rody Lactobacillus, Bifidobacterium a Streptococcus a na úrovni druhu pro druhy Lactobacillus casei, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium infantis a Streptococcus thermophilus. Po optimalizaci podmínek pro specifické primery byly ve výrobku prokázány všechny deklarované bakterie.
|
|
|
Identifikace rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik
Papala, František ; Langová, Denisa (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je identifikace rostlinné DNA v komplexní matrici pomocí molekulárních technik. Práce nejprve vychází z rešerše literárních zdrojů zaměřených na molekulární techniky identifikace DNA a pak se teoreticky zabývá metodami izolace a charakterizace rostlinné DNA. Konkrétně se bude pracovat s DNA borůvky. V experimentální části byla měřena čtveřice komerčních produktů, ze kterých byla izolována DNA a následně byla podrobena PCR a HRM analýze.
|
|
|
Biochemická analýza DNA interakčních partnerů
Valchová, Michaela ; Coufal,, Jan (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato práce byla zaměřena na analýzu DNA. Nejprve byly hybridizovány fluorescenčně značené oligonukleotidy, které byly následně podrobeny HRM analýze, kdy byly zjišťovány teploty tání oligonukleotidů v závislosti na daném prostředí. Práce popisuje změnu teploty tání oligonukleotidů v prostředí jednomocných a dvojmocných iontů a vliv vazby proteinů na stabilitu těchto struktur DNA. Z teplot tání bylo stanoveno, zda daný iont/protein stabilizuje nebo destabilizuje daný oligonukleotid. Dále byly izolovány vybrané plasmidy. Pomocí AFM byla sledována struktura izolovaných plasmidů.
|
|
|
Magnetické částice a jejich využití v biotechnologii
Knápková, Monika ; Konečná, Jana (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na magnetické částice, které jsou využívány v řadě biotechnologických aplikací. Teoretická část práce pojednává o specifických vlastnostech těchto částic, o materiálech, kterými mohou být tvořeny a dále jsou zmíněny některé biotechnologické aplikace využívající magnetické částice. V experimentální části byly využity vybrané druhy magnetických částic za účelem izolace nukleových kyselin. Kvalita izolované DNA s ohledem na čistotu byla vyhodnocena za použití metody polymerázové řetězové reakce a jejích modifikací. Dále byla využita vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM analýza) za účelem ověření kvality izolované DNA a pro rozlišení bakterií Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus. Izolace DNA pomocí magnetických nosičů byla úspěšná, přičemž z hlediska koncentrace byly nejvhodnější komerčně dostupné mikronosiče MPG a magnetické mikročástice typu Fkol 77ox. Z hlediska čistoty byly pro izolaci DNA nejlepší magnetické nanočástice F79/L3 PLL. Bakteriální druhy Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus se pomocí HRM analýzy nepodařilo rozlišit.
|
host ::
RSS.